Kawasan Andalan di Kabupaten Halmahera Selatan adalah: Makian, Kayoa, Gane Timur, Gane Barat, Obi, Obi Selatan, Bacan, Bacan Timur dan Bacan Barat. Sektor unggulan di Kabupaten Halmahera Selatan ini adalah adalah: Perkebunan, Perikanan, Industri, pertambangan, serta Pariwisata.
Sedangkan sub sektor unggulan di Kabupaten Halmahera Selatan adalah: kopra, kakao, vanili, cengkeh, pala, kenari, tuna dan cakalang, Industri kelautan, dan industri kayu/gerabah.